Kaks aastat pärast Maa Liidu ning ZAFTi vahelist rahulepingut, hakkab konflikt taas kuumenema. Selle loo peategelane silmad on täis pisaraid, kuna ta kaotas sõja ajal oma perekonna, täpsemalt Orbis. Samal ajal on Athrunil käed tööd täis, kuna ta peab kaitsema nii Cagallit kui ka tegema midagi sõja lõpetamiseks. ZAFTi poolt uute robotmundrite valmistamine ja nende varastamine Maa Liidu poolt ongi uue loo aluseks.