Seriaal võtab aset Kosmoseajastus.

Heliopolis, niiöelda neutraalne kosmosekoloonia, toodab Maa Liidule relvi, täpsemalt Gundameid. ZAFT, mis koosneb "koordineerijatest (geneetiliselt modifitseeritud/uuendatud inimesed)", ründab Heliopolist ning varastab 4 Gundamit 5st. Sõjaväljal leiab tsiviilisik Kira Yamato Strike, viimane alles jäänud Gundam ning olukorra tõttu peab ta ka seda juhtima. Lahingus kohtub ta oma sõbraga, Athrun Zalaga, kes on üks Gundami kaaperdajatest ZAFTi poolel. Kuid Kira ei ole ZAFTi poolel, mis raskendab olukorda, sest sõbra vastu ei ole kerge võidelda. Sellegipoolest peab ta seda tegema, kasvõi sõbra surma arvelt.