Uues loos võitlevad krüptozooloogia agentuuri Monarch liikmed kangelaslikult jumalalaadsete koletistega, kelle seas on ka võimas Godzilla, kes peab astuma vastamisi Mothra, Rodani ja oma suurima vaenlase, kolmepealise Kuningas Ghidorah’ga. Seni vaid müüdiks peetud iidsed superliigid ilmuvad taas välja ja igaüks neist tahab ülemvõimu saavutada, seades inimkonna eksistentsi suurde ohtu.